Năm 1955, ông tập kết ra Bắc, trở thành Trưởng ban 2 (Quân báo) của Sư đoàn 324 đóng ở Nghệ An.[1]

Năm 1960, ông được điều về công tác tại Viện KSND tối cao, với chức vụ Phó trưởng Phòng Điều tra thẩm cứu chuyên thụ lý những vụ án lớn, án trọng điểm, rồi trở thành thư ký riêng cho Viện trưởng Hoàng Quốc Việt.[1]

Giữa năm 1965, tình hình chiến trường miền Nam diễn ra căng thẳng, ông được điều trở lại miền Nam, làm Cụm trưởng Cụm tình báo H32, cơ quan chỉ huy đóng tại Gò Nổi, huyện Điện Bàn, tỉnh Quảng Nam[1]

Năm 1972, ông Kỳ bị địch bắt, đày ra Côn Đảo[1]

năm 1977, ông được Tổng Tham mưu trưởng Văn Tiến Dũng gọi đến trao nhiệm vụ mới, chuẩn bị “tiền trạm” cho cuộc chiến chống lại chế độ Pol Pot.[1]

Sau khi giúp nước bạn giải phóng thành công, ông trở về, năm 1984 trở lại làm Đoàn trưởng Đoàn 11 (Cục 11).[1]

Đến năm 1995, ông đảm nhiệm vị trí Phó Tổng cục trưởng Tổng cục 2, Bộ Quốc phòng[1]

Năm 1998 thì có quyết định nghỉ hưu[1]